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Die Insel Samos war ursprünglich mit der kleinasiatischen Küste verbunden, wurde aber nach gewaltigen geologischen Umwälzungen vom Festland getrennt. Dem Mythos nach war sie der Geburtsort der Göttin Hera, während sie in Wirklichkeit auch der Geburtsort des griechischen Philosophen und Mathematikers Pythagoras ist. Die Insel wurde um das erste Jahrtausend v. Chr. von den Ioniern besiedelt, aber auch Karer und Pelasger lebten auf ihr. Samos erlebte seine größte Blütezeit im 6. Jahrhundert v. Chr. Jh. v. Chr. Die Perser beherrschten die Insel während der Perserkriege, doch später wurde sie Mitglied des Athener Bundes.
Auf der Insel befinden sich die gemeinsamen UNESCO-Welterbestätten Heraion von Samos und Pythagoreion, die 1992 in die Liste des UNESCO-Welterbes aufgenommen wurden.