San Diego est l'un des jardins zoologiques les plus célèbres au monde : il abrite 2600 espèces, y compris des animaux rares et en voie de disparition. Il se trouve également en plein dans la ville, et si facile à visiter. Un peu plus loin de la ville se trouve le parc safari du zoo, où vous pouvez voir les créatures africaines et asiatiques errant « dans la nature ».

L'un des animaux les plus célèbres était Ken Allen, un orang-outan qui avait réussi à s'échapper de sa cage à trois reprises en 1985. Une fois sorti, il se promenait à travers le zoo comme un visiteur. Des alpinistes ont finalement été employés pour trouver et supprimer autant que possible les trous et les fissures qui pouvaient aider Ken. Connu localement comme « le Houdini Poilu », il a vécu jusqu'à l'âge de 29 ans avant de souffrir d'un cancer.

San Diego Zoo abrite également un incroyable projet appelé le Zoo Congelé : une collection de cultures cellulaires conservées au-dessous de zéro, des ovocytes, du sperme et des embryons représentant 1000 types d'animaux. Naturellement, vous ne pouvez pas visiter ces spécimens (qui sont plutôt petits et glacés), mais ils représentent l'avenir de certaines espèces et garantissent la durabilité zoologique. Malheureusement une espèce déjà, l'oiseau po-o-uli, est actuellement disparue.