Deze synagoge dateert uit de 16e eeuw, 1553 om precies te zijn, en is de kleinste in Krakau. De Remuhsynagoge werd gebouwd door de familie van de Poolse rabbijn Moses Isserles, en werd helaas bijna volledig verwoest tijdens de nazi-bezetting. Slechts een tiental grafstenen hebben de Tweede Wereldoorlog in hun oorspronkelijke staat overleefd, waaronder die van Rabbi Moses Isserles.

In de periode van nazi-bezetting, tussen 1939 en 1945, deed de synagoge dienst als opslagplaats voor lijkzakken en brandbestrijdingsmiddelen. In 1957 werd de synagoge gerenoveerd door de joodse gemeenschap.

Vandaag de dag zijn de synagoge en de begraafplaats een bedevaartsoord die bezocht wordt door joden van over de hele wereld.