Esta sinagoga data del siglo XVI, del 1553 para ser más exactos, y es la más pequeña de Cracovia. Fue construida por la familia del rabino polaco Moisés Isserles y, lamentablemente, fue prácticamente destruida por completo durante la ocupación nazi. Solo una docena de tumbas sobrevivieron a la Segunda Guerra Mundial en su estado original, entre ellas la del rabino Moisés Isserles.

Durante el período de ocupación nazi, entre 1939 y 1945, la sinagoga fue utilizada como almacén para bolsas de cadáveres y material contraincendios, pero la estructura sufrió importantes daños y fue posteriormente rehabilitada en 1957 por la comunidad judía.

En la actualidad, este cementerio y sinagoga es un importante lugar de peregrinación para devotos judíos procedentes de todas partes del mundo.