Denna synagoga går tillbaka till 1500-talet, 1553 för att vara exakt, och är den minsta i Krakow. Det byggdes av familjen till den polska rabbinen Moses Isserles, som tyvärr nästan helt förstördes under den nazistiska ockupationen. Endast ett dussin gravstenar överlevde andra världskriget i sitt ursprungliga tillstånd och bland dem fanns Rabbi Moses Isserles.

Under den nazistiska ockupationsperioden, mellan 1939 och 1945, fungerade synagogan som ett lager för kroppsväskor och brandbekämpningsutrustning, men tyvärr fick den allvarliga skador och renoverades sedan 1957 av det judiska religiösa samfundet.

Idag är kyrkogården och synagogan en pilgrimsfärd för fromma judar från hela världen.